Unreal Engine 4 の BuildSystem は非常に複雑です。 その中心になるのが C# で記述された UnrealBuildTool になります。

各 Module の Build file (Makefile 相当) も *.Build.cs と言う名前の C# で書かれています。

1. フォルダ Tree の検索
2. 依存解析と cache 作成
3. ビルドステップの実行
   1. UnrealHeaderTool を使ったプリプロセス
   2. Executor からコンパイラの呼び出し (もしくは分散 Build System 呼び出し)

等

BuildConfiguration.xml ファイルに記述することができます。

Project / Module 単位の設定は *.Build.cs や *.Target.cs で設定することが可能です。