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例えば DefaultEngine.ini と同じフォルダに UserEngine.ini を作っておくと、個人的なデバッグに使う設定を記述しておくことができます。 自分だけが使う Log 表示設定など、Commit したくない設定を書いておけます。
起動時にコマンドラインオプションから指定することもできます。
-ini:TYPE:SECTION:KEY=VALUE
-ini:Engine:[Core.Log]:LogMyLib=Verbose